Q. Flexboxで普通に改行するには?

justify-content: space-between
親ブロックいっぱいに敷き詰めてくれるが、改行すると左寄せにならない。

justify-content: space-around
左右の余白を均等にしてくれるが、改行すると左寄せにならない。

justify-content: flex-start;(デフォルト値)
float / inline-block と同様の結果。
ul にネガティブマージンを、li に margin-right: 20px; を指定して、擬似的に敷き詰めている。

A. デフォルト値で調整するしかない。

レスポンシブサイトでは、ブレークポイントで justify-content の指定を分ける。

iPad を横向きにした 1024px 以下では、justify-content: space-around にするなど、案件に合わせて対応するのがベター。